新的一年，明修学苑理事长樱井凉子（黑木瞳饰）带领麾下精英开赴湘南，宣布合并后的明修湘南高中的成立。内山田广志（田山凉成饰）任副校长，而鬼冢英吉（AKIRA饰）则担任2年A班的副班主任。与此同时，弹间龙二（城田优饰）和冴岛俊行（山本裕典饰）也因各种原因回到故乡，曾经大闹湘南的坏小孩们重聚湘南。鬼冢与高傲的女教师藤川穗奈美（比嘉爱未饰）共同打理2年A班，宫地明里（三吉彩花饰）、宇佐美太一（佐野玲于饰）、芹泽航平（龙星凉饰），一个个看似活泼享乐的新生代，却有着各自身体和心理上的创伤。GTO鬼冢决不允许自己坐视不管，他以独有的方式再次展开行动……本片根据藤泽亨的同名漫画改编。